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AprGPD:杏基因组和表型组数据库

2022/8/24
杏因其营养成分高、适应性强而在世界范围内广泛栽培,其肉质鲜美,有着独特宜人的香气,杏核也作为坚果食用。杏的基因组已经被测序,转录组、重测序和表型组的数据不断增加。然而,随着新信息的出现,这些数据有望被整合和传播。

中国九种杏,01-09 代表九个品种:a 九个品种的分布、描述和图片。b 九个品种的树形及相对高度

为了更好地管理不断添加的新数据,同时增加其便利性,作者构建了杏基因组和表型组数据库。目前,AprGPD包含3个参考基因组、1692个种质、306个基因组重测序数据、90个RNA测序数据。AprGPD 已经实现了一套用户友好的查询、分析和可视化工具。作者还对杏的三个基因组的 59 个转录因子家族进行了详细分析。

种质模块,a 搜索工具;b 样本的图像和分布;c 定量(频率图和箱形图)和定性(饼图)特征的统计图

AprGPD展示了六个模块,包括品种、种质、基因组、变异、产出、工具。AprGPD整合的数据将有助于杏的分子育种。

来源:Plant Methods.AprGPD: the apricot genomic and phenotypic database.Chen Chen, Huimin Liu, Ningning Gou, Mengzhen Huang, Wanyu Xu, Xuchun Zhu, Mingyu Yin, Haikun Bai, Lin Wang & Ta-na Wuyun
https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-021-00797-4